Ngay từ những năm cuối thế kỷ XV, mô hình tổ chức nhà nước cũng như các chính sách của triều Lê sơ đã bộc lộ những hạn chế và mâu thuẫn. Hệ thống quan lại hoàn bị, vốn là công cụ quản lý nhà nước sắc bén, dần biến thành một bộ máy quan liêu cồng kềnh. Nạn tham nhũng ngày càng trở nên phổ biến. Trước tinh hình đó, người kế nghiệp Lê Thánh Tông là Lê Hiến Tông(1497 - 1505 ) đã có những cố gắng nhằm củng cố bộ máy chính quyền, nhưng kết quả chẳng được là bao. Năm 1499, ông đã ra sắc lệnh sa thải bớt lại viên trong bộ máy chính quyền từ trung ương đặt các địa phương. Trong tờ sắc cho Thượng thư Bộ Lại có đoạn viết: "Ỷ vào phép nước là thói tệ của bọn lại ... Trước đây, lựa chọn không công bằng, bọn lại quá nhiều, rất nhũng tạp. Có kẻ ăn may, chỉ một nghề là được bổ dụng, có kẻ nhờ cậy nhiều ngón mong được chỗ hơn, hối lộ công khai, thăng quan vượt cấp“. Đó chỉ là một phần biểu hiện của thực trạng nghiêm trọng hơn. Mô hình tập quyền quan liêu không còn phù hợp với sự phát triển của kinh tế và xã hội, đã bất lực trong việc điều hành đất nước.

 Sang đến đầu thế kỷ XVI, nhất là từ sau khi Lê Uy Mục lên ngôi 1505, triều đình hoàn toàn mất hết vai trò tích cực, lao vào con đường ăn chơi sa đọa. Bị người đương thời mệnh danh là " vua quỷ ", Uy Mục là người u tối lại có tật nghiện rượu, hoang dâm, hiếu sát. " Từ khi lên ngôi, vua đêm nào cũng cùng cung  nhân uống rượu vô độ. Khi rượu say thì giết cả dung nhân”. Bất chấp cả luật pháp, nhà vua dung túng cho bọn quý tộc ngoại thích và hoạn quan lộng hành. Chúng ngang nhiên hãm hại những người không cùng vây cánh, trắng trợn cướp bóc của dân. Chính sự trong triều rối loạn. Các thế lực chống đối nổi lên khắp nơi. Một nhóm tôn thất và công thần bị Uy Mục ngược đãi, đuổi về Thanh Hóa đã tập hợp lại dưới sự chỉ huy của Nguyễn Văn Lang. Ở Tây Đô, nhóm này đã xây dựng lực lượng, tôn Lê Dinh lên làm minh chủ, công khai chống lại triều đình. Thay mặt cho nhóm nổi dậy, Lương Đắc Bằng đã soạn hịch kể tội Uy Mục, trong đó có đoạn viết: " Bạo chúa Lê Tuấn phận con thứ hèn kém, làm nhơ bẩn nghiệp lớn, lần lữa mới gần 5 năm mà tội ác đã đủ muôn khoé... Quan tước đã hết rồi mà à vẫn thưởng tràn không ngớt, dân chúng đã cùng khốn còn vơ vét chẳng thôi. Vét thuế khoá từng cân lạng, tiêu tiền của như đất bùn, bạo ngược ngang với Tần Chính".

 Năm 1509, Lê Dinh từ Thanh Hóa đem quân ra Thăng Long, lật đổ Uy Mục, giành lấy ngôi vua. Sau này Lê Dinh được truy tôn làm Tương Dực đế nên sử sách thường gọi ông vua này là Lê Tương Dực (1509-1516).

 Lê Tương Dực cũng không đưa ra được biện pháp gì mới để củng cố chính quyền. Mặc dù đội ngũ quan lại cao cấp có những người hăng hái muốn thay đổi tình hình như Nguyễn Văn Lang và Lương Đắc Bằng. Họ đã dâng lên 14 kế sách trị bình, vua cho là phải. Lại cho soạn sách Trị bình bảo phạm gồm 50 điều để răn dạy quan lại và dân chúng, nhưng cuối cùng cũng không được thực hiện. Trong khi đó, mâu thuẫn giữa các phe phái trong triều ngày càng trở nên trầm trọng. Nhà vua là người thích ăn chơi xa hoa, cho xây dựng thành quách, cung điện vô cùng tốn kém, sai Vũ Như Tô vẽ mẫu làm đại điện hơn 100 nóc, xây cửu trùng đài cao ngất. Các công trình xây dựng phải phá đi, chữa lại nhiều lần khiến binh lính và dân chúng khổ cực vì lao dịch, bệnh tật, chết rất nhiều... Khi nói về Lê Tương Dực, các tác giả Đại Việt sử ký toàn thư đã có lời bình: "Xa hoa dâm dục quá độ, hình phạt nặng, thuế khóa nhiều, giết hết các thân vương, can qua xảy ra khắp nơi, người thời ấy gọi là vừa lợn ".

 Lợi dụng sự tha hóa của vua quan triều đình, những cuộc nổi dậy ở địa phương nổ ra ngày  một nhiều. Năm 1511, Thân Duy Nhạc và Ngô Văn Tổng nổi dậy ở Kinh Bắc. Cuối năm đó, Trần Tuân đấy binh đánh phá ở Sơn Tây. Năm 1512, dư đảng của Trần Tuân do Nguyễn Nghiêm cầm đầu hoạt động mạnh ở vùng Sơn Tây, Hưng Hoá. Ở Nghệ An, dưới sự lãnh đạo của các thủ lĩnh Lê Hy, Trịnh Hưng và Lê Minh Triệt, dân chúng cũng nổi dậy chống lại triều đình. Khó khăn lắm quan quân triều đình mới đàn áp được. Tình hình ổn định chưa được bao lâu thì năm 1515 tại vùng núi Tam Đảo lại nổ ra cuộc nổi dậy do Phùng Chương lãnh đạo. Cùng năm, Ở Thanh Hoá, Đặng Hân và Lê Hất dấy binh.

 Những cuộc nổi dậy nổ ra dồn dập và có quy mô ngày càng lớn vào năm 1516    . Vừa đàn áp xong Trần Công Ninh ở Yên Lãng (Vĩnh Phúc) ,triều đình đã phải tập hợp lực lượng đối phó với phong trào ở huyện Thủy Đường (Hải Phòng) do Trần Cao lãnh đạo. Phong trào này đã liên kết với lực lượng nổi dậy ở Đông Triều do Phan Ất (một gia nô người Chăm), Đình Ngạn, Đình Nghệ, Đình Bảo, Công Uẩn và Đoàn Bố cầm đầu. Phong trào đã nhanh chóng làm chủ được hai huyện Thủy Đường, Đông Triều và nhiều vùng rộng lớn khác của trấn Hải Dương. Quan quân triều đình đã nhiều phen khốn đốn vì những cuộc tấn công của nghĩa quân .

 Do có công lao trong việc đánh dẹp và đàn áp các cuộc nổi dậy, thế lực các võ quan ngày càng mạnh. Bọn này kiêu mạn, lũng đoạn triều đình và luôn tìm cách khuynh loát quyền lực. Giữa năm 1516, lợi dụng tình thế rối ren, tướng Trịnh Duy Sản đã liên kết với Lê Quảng Độ lập mưu giết chết Lê Tương Dực.

 Tình hình chính trị nhà Lê càng trở nên rối loạn khi nghĩa quân Trần Cao tiến đến sát kinh thành. Hành động giết vua của nhóm Trịnh Duy Sản đã tạo nên sự phân liệt và mâu thuẫn sâu sắc trong nội bộ triều đình. Kẻ muốn lập Quang Trị lên làm vua, người lại đòi phải đưa Lê Y lên ngôi. Sự chia rẽ nội bộ đã dẫn tới một kết cục bi thảm. Quang Trị (lúc ấy mới 8 tuổi) vừa được đặt lên ngôi ít ngày thì bị giết chết. Triều thần lại tôn Lê Y, 14 tuổi lên ngôi Hoàng đế (trong sử gọi là Lê Chiêu Tông). Không chống đỡ nổi các cuộc tấn công của nghĩa quân Trần Cao, triều Lê đã phải bỏ thành Thăng Long chạy vào Tây Đô.

 Cuối năm 1516, Trần Cao chiếm được kinh thành Thăng Long, tự xưng là vua, đặt niên hiệu Ứng Thiên. Nhưng chẳng bao lâu sau quân nhà Lê từ Thanh Hóa tiến ra, Trần Cao không chống cự nổi, phải rút về Lạng Nguyên (Lạng Sơn), giao quyền cho con là Trần Cung, rồi cắt tóc đi tu. Nghĩa quân cầm cự được đến năm 1521 thì bị dập tắt hoàn toàn. Tình hình tạm yên ổn, nhưng thế lực của Mạc Đăng Dung, khi ấy là Thái phó kiêm Tiết chế các doanh quân thủy bộ, đã lớn đến mức nhà vua không chế ngự nổi. Để thâu tóm hoàn toàn quyền lực , năm 1522 Mạc Đăng Dung cùng với những người cùng phe cánh đã phế truất Lê Chiêu Tông, lấy người em của nhà vua là Lê Xuân lên ngôi Hoàng đế (Cung Hoàng đế). Trong vòng 5 năm, các phe phái chống đối lần lượt bị đánh bại.

 Năm 1527, khi thực tế mọi quyền lực đã nằm trọn trong tay, Đăng Dung bắt ép Cung Hoàng đế nhường ngôi, lập ra nhà Mạc.

 Mạc Đăng Dung quê gốc ở xã Cao Đôi, huyện Bình Hà (nay thuộc xã Lũng Động, huyện Chí Linh, tỉnh Hải Dương). Tiên tổ bảy đời là Mạc Đĩnh Chi, Trạng nguyên triều Trần. Đến đời thứ tư chuyển về xã Cổ Trai, huyện Nghi Dương (nay thuộc xã Ngũ Đoan, huyện Kiến Thuỵ, thành phố Hải Phòng). Thửa nhỏ, gia đình Mạc Đăng Dụng làm nghề đánh cá. Nhờ ló sức khoẻ và giỏi võ mà thi đỗ Lực sỹ. Năm 1508, thời Lê Uy Mục, được sung làm Đô chỉ huy sứ vệ Thần vũ. Trong vòng hơn 10 năm, trải qua ba triều vua, do có công đàn áp các cuộc nổi dậy và dẹp loạn trong triều, Mạc Đăng Dung nhanh chóng được phong đến rước hiệu cao nhất của nhà Lê (Vũ Xuyên bá: năm 1511; Vũ xuyên hầu: năm 1518; Minh quận công: năm 1519; Nhân quốc công: năm 1521; An Hưng vương: năm 1527).

 Mở đầu một vương triều mới trong bối cảnh chính trị không thuận lợi, nhà Mạc tập trung củng cố chính quyền và kỷ cương đất nước vốn đã trở nên vô cùng rệu rã bằng cách tổ chức lại bộ máy quan lại. Hệ thống luật pháp hoàn bị của nhà Lê về cơ bản vẫn được duy trì, nhưng vào cuối năm 1528 Mạc Đăng Dung đã giao cho Nguyễn Quốc Hiến xem xét điều chỉnh lại cho phù hợp với tình hình mới, đặc biệt là các chính sách liên quan đến điền chế, lộc chế. Để có quân đội mạnh và chỉ huy thống nhất, nhà Mạc đã chấn chỉnh binh chế, phiên chế, tổ chức lại lực lượng các vệ, phủ, sở, ty. Nhà Mạc đặt ra 4 vệ Hưng Quốc, Chiêu Vũ, Cẩm Y, Kim Ngô. Bốn vệ này thống lĩnh toàn bộ quân đội thường trực ở kinh thành và 4 trấn quan trọng (Hải Dương, Sơn Nam, Sơn Tây và Kinh Bắc). Ngoài ra, quân ở các đạo được phiên chế thành các đơn vị trực thuộc vào 5 phủ .

 Làm vua được 3 năm, Mạc Đăng Dung nhường ngôi cho con là Mạc Đăng Doanh, lên làm Thái Thượng hoàng. Trong vòng 5 năm đầu, nhà Mạc đã cố gắng đưa tình hình dần đi vào thế ổn định. Mặc dù có thái độ không thiện cảm với triều Mạc nhưng các tác giả Đại Việt sử ký toàn thư, khi chép các sự kiện trong giai đoạn này đã có nhận xét: “Từ đấy, người buôn bán và kẻ đi đường đều đi tay không, ban đêm không còn trộm cướp, trâu bò thả chăn không phải đem về... Trong khoảng vài năm, người đi đường không nhặt của rơi, cổng ngoài không phải đóng, được mùa liên tiếp, trong cõi tạm yên".

 Nếu như chính sách đối nội có một số mặt tích cực, cởi mở. tạo tiền đề cho sự phát triển của đất nước về mặt kinh tế và văn hoá, thì chính sách đối ngoại, nhất là trong quan hệ với nhà Minh, nhà Mạc lại tỏ ra hết sức lúng túng. Lợi dụng tình hình rối loạn ở Đại Việt, nhà Minh thường cho người sang dọa dẫm, sách nhiễu. Lo sợ lực lượng cựu thần nhà Lê và muốn tranh thủ sự ủng hộ của nhà Minh, trước những hành động như thế, nhà Mạc chọn giải pháp thoả hiệp, đem vàng bạc, châu báu đút lót để được yên ổn. Được thể nhà Minh càng lấn tới. Sau khi biết tin các lực lượng ủng hộ triều Lê đã tìm được con trai Lê Chiêu Tông là Lê Duy Ninh để tôn lên làm vua, năm 1537, vua Minh sai Cừu Loan và Thượng thư Bộ Binh Mao Bá Ôn đem một đạo quân xuống vùng biên giới phía nam và phao tin sẽ đánh Đại Việt. Trong tình thế bức bách và mong được nhà Minh công nhận để yên tâm đối phó với lực lượng cựu thần nhà Lê, nhà Mạc đã phải đáp ứng những yêu sách của nhà Minh. Năm 1540, Mạc Đăng Dung cùng với 40 viên quan đem sổ sách lên tận cửa Nam Quan để nộp và trả lại nhà Minh đất 5 động vùng Đông Bắc, vốn được sáp nhập vào Đại Việt từ thế kỷ XV.Việc làm này của Mạc Đăng Dung đã gây nên sự bất bình trong nhiều quan lại và dân chúng, khiến nhà Mạc dần dần lâm vào tình thế cô lập. Những người ủng hộ triều Lê ngày càng có điều kiện thuận lợi để tập hợp lực lượng chống lại.

Mạc Đăng Dung giành được ngôi vua nhưng lực lượng ủng hộ nhà Lê còn rất mạnh. Ngay từ năm 1530, một hoàng tộc nhà Lê là Lê Ý cùng với một số bộ tướng đã dấy binh ở Thanh Hoá. Lực lượng này phát triển nhanh chóng, có lúc lên tới vài vạn người. Cuộc chiến kéo dài gần một năm. Mặc dù cuộc nổi dậy bị thất bại nhưng lực lượng của nhà Mạc cũng bị tổn thất nặng nề.

 Năm 1531, nhóm cựu thần nhà Lê do Lê Công Uyên cầm đầu, sau khi tổ chức tấn công vào Thăng Long không thành ( năm 1528 ) phải chạy vào đất Thanh Hoá, đã chiêu tập một đội quân ô hợp tự xưng là quân nhà Lê,kéo nhau đi chiếm cứ các quận, huyện. Quân Lê Uyên đi đến đâu thường bắt người, cướp của, đốt phá nhà cửa , khiến cho dân chúng vô cùng khổ cực. Khi bị quân nhà Mạc tấn công, đội quân này bị tan rã và thất bại nhanh chóng.

 Trong khi nhà Mạc đang phải đối phó với các cuộc nổi dậy chống đối trong nước, An Thành hầu Nguyễn Kim, vốn là Thanh Hoa hữu vệ Điện tiền tướng quân dưới triều Lê, được sự giúp đỡ của vua Ai Lao, đã bí mật xây dựng lực lượng ở Sầm Châu (nay là tỉnh Sầm Nữa của Lào). Năm 1533, Nguyễn Kim cho đón Lê Duy Ninh sang Ai Lao, tôn lên làm vua, lập lại triều Lê.

 Từ khi có danh nghĩa chính thống, Nguyễn Kim đã quy tụ được hầu hết các lực lượng cựu thần nhà Lê. Thế lực Nguyễn Kim ngày càng mạnh lên. Trong khi đó sự kiểm soát của nhà Mạc từ Thanh Hóa trở vào nam rất yếu. Năm 1537, một viên tướng được giao quản lĩnh 7 huyện của Thanh Hóa là Lê Phi Thừa đem quân chạy sang Ai Lao đầu hàng nhà Lê. Nhân cơ hội đó, từ năm 1539 đến năm 1543, quân nhà Lê từ Ai Lao đã mở các cuộc tấn công về Nghệ An và Thanh Hoá. Quân nhà Mạc thất bại liên tiếp.

 Cuối năm 1543, nhà Lê chiếm được Tây Đô. Thanh Hoá, Nghệ An trở thành vùng đất đứng chân của vua Lê. Từ thời điểm đó, trên đất nước cùng tồn tại hai vương triều: Mạc và Lê. Hai thế lực tranh chấp nhau khiến cho đất nước lâm vào cảnh huynh đệ tương tàn. Về danh nghĩa triều Lê đã được phục hồi, nhưng ngay từ những ngày đầu người nắm thực quyền điều hành mọi công việc là Thái sư Nguyễn Kim. Năm 1545, Nguyễn Kim bị một hàng tướng nhà Mạc đầu độc. Người thay thế vị trí Nguyên Kim tiếp tục cuộc chiến tranh với nhà Mạc là Trịnh Kiểm. Từ đây họ Trịnh kế tục nhau nắm quyền chi phối triều Lê. Năm 1546, sau khi đã làm chủ được cả một vùng rộng lớn từ Thanh- Nghệ trở vào Nam, Trịnh Kiểm cho xây dựng thành quách, lập cung điện, tổ chức quan lại như một triều đình thực sự. Để phân biệt, sử sách thường gọi triều Mạc đóng đô ở Thăng Long là Bắc triều và triều Lê Trung hưng ở Thanh Hóa là Nam triều.

 + Từ năm 1545 - 1569 là giai đoạn Nam triều giành thế chủ động, liên tục tấn công ra Bắc. Lợi dụng tình trạng lục đục trong nội bộ triều Mạc, quân Trịnh đã tổ chức 11 lần xuất quân đánh phá các trận vùng đồng bằng Bắc Bộ, trong đó nơi thường xuyên phải chịu cảnh binh lửa là trấn Sơn Nam. Trong giai đoạn này quân nhà Mạc cũng mở được 4 lần tấn công vào Thanh Hoá, nhưng kết cục không bên nào giành được thắng lợi quyết định.

+ Từ 1570 - 1583 là giai đoạn quân Mạc phản công. Sau khi Trịnh Kiểm qua đời, nội bộ Nam triều phát sinh mâu thuẫn. Trong lúc hai anh em Trịnh Cối và Trịnh Tùng đánh giết nhau, Mạc Kính Điển đã huy động 10 vạn quân với 700 chiến thuyền vượt biển đánh vào Thanh Hoá. Trịnh Cối cùng với 2 vạn quân buộc phải đầu hàng.Bộ phận còn lại của Nam triều do Trịnh Tùng chỉ huy rút chạy lên vùng thượng lưu sông Chu, sông Mã để cố thủ. Sau 8 tháng tiến công nhưng không tiêu diệt được quân Trịnh, cuối năm ấy quân Mạc phải rút về Thăng Long.Liên tục trong các năm sau, Bắc triều đã tiến hành 12 cuộc tấn công lớn nhỏ vào Thanh Hóa, Nghệ An và Thuận Hóa nhưng cuối cùng đều phải rút lui. Với những nỗ lực cao nhất nhằm đè bẹp lực lượng của Nam triều, trong vòng hơn 10 năm, nhà Mạc đã điều động gần như cạn kiệt tiềm lực của mình cho chiến tranh.

 + Từ 1583 - 1592 là giai đoạn suy sụp của nhà Mạc. Quân Trịnh giành lại thế chủ động tấn công chiếm lại được Thăng Long. Vốn đã để mất lòng dân và đội ngũ quan lại vì chính sách đối ngoại thỏa hiệp, lại tiêu phí quá lớn sức người sức của vào các cuộc chiến tranh phe phái, từ những năm 80 nhà Mạc bắt đầu suy yếu. Quan quân chán nản, lòng người ly tán. Nhiều người bỏ việc về quê. Có người chạy sang đầu hàng Nam triều. Không đủ sức mở các cuộc tấn công lớn như giai đoạn trước, năm 1585, Mạc Mậu Hợp tập trung xây dựng thành lũy để phòng thủ.

 Trong bối cảnh đó, lực lượng Nam triều được củng cố lại đã liên tục giành được những thắng lợi quan trọng. Cuối năm 1591, Trịnh Tùng điều động 6 vạn quân chia làm 5 đạo theo đường phía tây tiến ra Bắc. Để đối phó lại, nhà Mạc cũng đã huy động một lực lượng tới 10 vạn quân. Một trận quyết chiến giữa hai bên đã diễn ra ở Sơn Tây. Trong trận này quân Mạc đại bại, thương vong tới 1 vạn người. Thừa thắng, Trịnh Tùng cho quân áp sát thành Thăng Long, " đốt phá nhà cửa, khói lửa ngợp trời " để uy hiếp.

 Năm 1592, quân Nam triều mở cuộc tấn công quyết định vào Thăng Long. Trịnh Tùng giành toàn thắng. Cục diện chiến tranh Nam- Bắc triều về cơ bản đã kết thúc, nhưng con cháu nhà Mạc cùng một số tướng tá và tàn quân bỏ chạy lên Cao Bằng hoạt động cho đến tận năm 1677 mới chấm dứt hoàn toàn.

 Năm 1592, Trịnh Tùng xưng vương và xây dựng Vương phủ (phủ Chúa) bên cạnh triều đình nhà Lê. Từ đó, hình thành cục diện một chế độ với hai chính quyền. Vua Lê chỉ tồn tại trên danh nghĩa còn mọi quyền hành trong nước đều do chúa Trịnh quyết định.